1、面团的pH值控制较难

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　　长时间发酵过程中，酵母菌产酸，加上面团中的杂菌的大量繁殖发酵，面团酸度较高。因此，在主面团调制时必须加碱调节面团的酸碱度。由于发酵条件不固定，发酵后面团的酸度不是一个稳定范围，所以加碱量每批都需要通过实验进行调整，而且要求操作人员有足够的实际经验和较强的责任心才能生产出质量稳定的好的产品。
2、气温过高时可能产生异味
　　面团的发酵设施中一般没有降温装置，气温较高时过长时间发酵，特别是容器或环境不够洁净时，面团可能因大量有害杂菌的自然接种发酵而出现怪异的气味，也就是人们常说的“馊味”、“斯气味”、“腥味”甚至臭味等，可能伴随有面团变色。故要求发酵容器和环境保持卫生，而且气温超过35℃时发酵时间要尽量缩短。
3、生产周期较长

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　　老面发酵法种子面团调制好后，需要长时间发酵让酵母在一定的条件下活化和繁殖，以利于后续的醒发和产品的口味，因此生产路线相当长，生产周期增加，操作也较为繁琐，劳动强度有所加大。面团充分发酵体积膨胀量很大，甚至达到原有体积的8倍，长时间占用空间和设备都很多，因此，规模化生产几乎没法应用本方法。